В 1963 году в целях обеспечения ресурсами горной и металлургической промышленности всего Кызылкумского региона, а также создающихся промышленных предприятий Навоийского горно-металлургического комбината квалифицированными специалистами в городе Навои открылся вечерний учебно-консультационный пункт Ташкентского политехнического института.

В начале в учебно-консультационном пункте начали свою деятельность заведующая консультационного пункта, преподаватель математики Л.В.Юдина, преподаватели Л.С.Лыкова, З.Додиров,  методист и секретарь. В вечернем учебно-консультационном пункте обучали по следующим 4 специальностям: Гражданское промышленное строительство, Технология неорганических веществ, Электрообеспечение, Металлорезание и Технология машиностроения.

В 1966 году вечерний учебно-консультационный пункт преобразован на Общетехнический факультет Ташкентского политехнического института. Деканом был назначен кандидат технических наук, доцент С.М. Рихсиев. на факультет были приглашены на работу молодые ученые и опытные специалисты из высших учебных заведений Ташкента, Самарканда, Бухары и факультет был обеспечен грамотными квалифицированными специалистами. В то время постепенно одна за другой создавались кафедры по отраслям науки. В том числе, была организована кафедра «Общественные науки». Заведующим кафедры был назначен кандидат исторических наук А.М. Новодворский. На кафедре обучали русскому, иностранным языкам, историю, философию, политэкономию.

В 1968-1969 годы факультетом управлял доцент Р.А. Абидов. Под его руководством значительно была улучшена учебно-воспитательная, духовно-просветительская работа, было укреплено сотрудничество факультета с производственными предприятиями, были открыты несколько кафедр. В том числе, с 1 января 1970 года была организована кафедра «Русский и иностранные языки», заведующим кафедрой был назначен старший преподаватель Ф.Г. Саидов, открылась кафедра «Физика, математика» и кафедрой заведовал кандидат физико-математических наук, доцент О. Маманов, в её состав были введены дисциплины, как физика, математика, общая электротехника. На кафедре вели свою педагогическую деятельность Д.Л. Борухов, У. Омонов, О.А. Маманов, О. Очилов, К. Косимов, М. Ёдгоров, М. Мухаммадов, М. Бозоров и Н. Камолов.

В том же году была открыта «Общетехническая кафедра», возглавлял её кандидат технических наук, доцент Х. Дориев. В структуру кафедры входили дисциплины, как теоретическая механика, сопротивление материалов, технология металлов, прикладная механика и детали машин. На кафедре трудились доцент М.В. Валиев, старшие преподаватели Х.М. Хамидов, П.Т. Темиров, преподаватели Т. Юлдашев, Э. Култаев, Х. Алиев, Ш. Алиева и С. Бобоназаров. В 1971 году была организована кафедра «Общая и неорганическая химия», заведующим кафедрой был назначен кандидат химических наук, доцент Н.А. Холмуродов. В её структуру входили дисциплины: общая химия, аналитическая химия, физическая химия, коллоидная химия, на кафедре работали преподаватели З. Кадыров, И.А. Зыбикова, Н.И. Луговая, А. Колосов.

Квалифицированные преподаватели Исаев У., Мустафина Н., Лошкина Н., Шодиев Ф. проводили занятия по предметам «Черчение» и «Начертательная геометрия». В 1972 году кандидат технических наук, доцент Убайдуллаев А.К. назначен деканом Навоийского общетехнического факультета. Особое внимание уделялось развитию материально-технической базы факультета; оснащение лабораторий, приобретение технических средств, новых наглядных пособий, а также на потенциал одарённых, квалифицированных кадров. Установлено сотрудничество с ведущими организациями и предприятиями города. На факультете ведут свою деятельность новые кафедры, одной из них является кафедра «Машиностроения», которую возглавляет доцент Бахронов У.Ф. С учетом крупных промышленных предприятий, имеющихся в Навоийской области организована кафедра «Основа теорий строительных предприятий», выпускающая специалистов для строительных предприятий. Заведующим кафедрой назначен кандидат технических наук доцент Демченко В.В. А также организована кафедра «Техника механики». Заведующим кафедрой является кандидат технических наук, доцент Атауллаев О.Д. Позже Навоийский технический факультет переименован в Навоийский филиал Ташкентского политехнического института. В состав филиала входят 3 факультета. Общетехническим факультетом руководил доцент Атауллаев О.Д. Вечерним общетехническим факультетом руководил доцент Холмуродов Н.А. Химико-технологическим факультетом руководил доцент Бурханов У.Ф. С 1987 по 1989 годы филиалом руководил доктор химических наук, профессор Аловутдинов А.Б.

За этот период большое внимание уделялось благоустройству, укреплению материально-технической базы филиала и подготовке квалифицированных специалистов. На основании Приказа 1990 года Министерства высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан «О введении в состав Ташкентского политехнического института Навоийского филиала в Бухарский технологический институт легкой и пищевой промышленности».

С 1990-1992 годы филиалом управлял доктор технических наук профессор Убайдуллаев А.К. На основании приказа №229 от 29 мая 1992 года Министерства высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан Навоийский филиал вошёл в состав Ташкентского государственного технического университета. С 1992 года филиалом руководил кандидат технических наук, доцент Атауллаев О.Д. В том же году организован Зарафшанский общетехнический филиал, который вошел в состав Навоийского филиала. С 6 марта 1995 года директором филиала стал доктор технических наук, профессор Раимжонов Б.Р. В соответствие с постановлением Министерства Республики Узбекистан от 3 июня 1995 года все филиалы учебных высших заведений Республики были приостановлены, и в частности Навоийский филиал ТашГТУ переименован в Навоийский технический колледж.

В Навоийском горно-металлургическом комбинате Навоийской области проводилось строительство. Для добычи и переработки полезных ископаемых из минерально-сырьевой базы Кызылкума был создан огромный гидрометаллургический завод. В связи с этим возрос спрос на специалистов в области химии, энергетики, машиностроения, металлургии и горных работ.

С приобретением Независимости Республики Узбекистан Президент Ислам Абдуганиевич Каримов и правительство Узбекистана уделяло особое внимание совершенствованию духовно-просветительской работы с кадрами, на вопросы подготовки квалифицированных специалистов и развитие горно-металлургической промышленности Узбекистана. Для развития горно-металлургической промышленности в Навоийской области, добычи и переработки полезных ископаемых, подготовки высококвалифицированных специалистов Президент Республики Узбекистан подписал Указ «О создании Навоийского государственного горного института» 7 июля 1995 г.

На основании этого Указа 26 июля 1995 года было принято Постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан «О создании (об образовании) Навоийского государственного горного института».

В годы Независимости Фондом «Устоз» («Исътедод») 17 преподавателей профессорско-преподавательского состава института были отправлены на повышение квалификации в США, Канаду, во Францию, Израиль, Южную Корею, Сингапур, Австрию, а также более 70 преподавателей проходили квалификацию в ведущих вузах России, Ташкентском государственном техническом университете, Ташкентском национальном университете.

В 2001 году Навоийский государственный горный институт стал призёром гранта Международного Фонда TEMPUS-TASIS Европейского Союза, участвовал в выполнении проекта «Дистанционное обучение в Узбекистане».

В течение 2001-2015 годов профессорско-преподавательский состав Навоийского государственного горного института повысил квалификацию по изучению современных информационных технологий и химико-технологического направления в университетах Германии, Италии, Франции, Финляндии, Англии, Нидерландах, Дании, Китая и Малайзии. В течение проекта вели совместную работу с зарубежными специалистами по созданию курсов дистанционного обучения.

В течение 2001-2003 годов со стороны участников международного проекта были созданы 12 курсов по дистанционному обучению, была создана совершенная электронная платформа, работающая в системе Online.

Профессорско-преподавательский состав Навоийского государственного горного института успешно выполняет и осуществляет поставленные задачи Национальной программой подготовки кадров. А именно, уделяет особое внимание качеству обучения студентов, повышению научного потенциала и квалификации преподавателей, широкого внедрения в процесс обучения новых информационных и педагогических технологий, созданию нового поколения учебной литературы, повышению качества и объёма научно-исследовательских работ на основе государственного гранта и хоз. договоров, интенсивного развитию образования, науки и производственной интеграции, широкого внедрения в процесс обучения и на производство результатов научных работ, а также работе с одарёнными студентами и развитию международных отношений.

В течение выполнения программы проекта в реальном времени были установлены видео конференции сотрудничества Навои-Гамбург, Навои- TweHTe, Навои-Ташкентский государственный технический университет по направлениям химическая технология и телематика. Посредством видеоконференции прослушаны лекции зарубежных профессоров.

В рамке проекта в Навоийский государственный горный институт привезены современные установки с дистанционным обучением, за счёт средств проекта организован центр информационных технологий и дистанционного обучения. Этот центр обеспечен квалифицированными кадрами и необходимым  оборудованием.

Материально-техническое обеспечение играет главную роль в развитие системы подготовки кадров. В настоящее время в институте ведут деятельность 12 докторов наук, 68 кандидатов наук, доценты, 79 старших преподавателей и 89 ассистентов. В данное время на каждого пятеро студентов, обучающихся в дневном отделении, приходится по одному компьютеру. Лаборатории института оснащены новым и современным оборудованием. Развитие взаимосвязи процесса обучения и науки-один из основных направлений осуществления системы подготовки кадров. На основе государственного гранта каждый год на 20 тем финансируется средства более 500 млн. сумм. В институте ведутся научно-исследовательские работы в горно-металлургической, химической, энергетической отраслях промышленности, технологии машиностроения и управлении автоматизации. На основе хоздоговора каждый год выполняются научно-исследовательские работы по актуальным темам более 30 млн. сумм.

В настоящее время институт установил связи сотрудничества с зарубежными ведущими вузами горно-металлургической отрасли, в том числе с университетами Гамбург-Харбург (Германия), Твенте (Голландия), с Московским государственным горным университетом, Московским институтом стали и сплавов, Московским государственным геологоразведочным университетом, Уральским государственным техническим университетом, Томским политехническим университетом и т.д.

До настоящего времени сотрудники Навоийского государственного горного института эффективно участвовали в 4 международных проектах.

В институте намечается обновление магистерских наук на основе ресурсно-экономичных технологий международного проекта – ТЕМПУС-ТЕРСИД. Общая стоимость проекта составляет 1 184 372 евро. На проекте участвуют 4 преподавателя кафедр «Химическая технология», «Металлургия» и «Узбекский и иностранные языки». В сотрудничестве с Европейскими университетами по 4 направлениям магистратуры: 5А320401 – «Химическая технология неорганических веществ» (по отраслям производства), 5А310301 – «Металлургия» (по видам металлов) и «Обогащение полезных ископаемых» (по видам ископаемого) анализированы требования производственных предприятий, находящиеся в Навоийской области, и внесены в рабочий план проекта для модернизации.

За годы существования института проводились  республиканские научно-технические конференции. С 1997 года в институте публикуется научно-производственный журнал «Горный вестник Узбекистана». В институте с 1996 года до настоящего времени ведёт деятельность Специализированный Совет по горным направлениям. В годы Независимости защищены 7 докторских, а также более 20 кандидатских диссертаций. На сегодня они ведут плодотворную работу.

В 1995-2005 годах доктор технических наук, профессор Б.Р. Раимжанов, 2005-2008 годах кандидат технических наук, доцент Ш.К. Агзамов, с 2009 по 2011 год доктор технических наук У.Ф. Насыров, с декабря 2011 года по апрель 2014 года должность ректора исполнял заместитель ректора по экономическим вопросам Генерального директора Государственнного предприятия “Навоийский горно-металлургический комбинат” Ф.И. Саломов.

С апреля 2014 года до сегодяшнее время должность ректора исполняет Генеральный директор Государственнного предприятия “Навоийский горно-металлургический комбинат”, доктор технических наук К.С. Санакулов.

Под руководством ректора К.С. Санакулова и проректоров Б. Мухиддинова, Ж.Назарова, Б.Мардонова, Н. Ашурова, Н.Абдуазизова ведётся плодотворная деятельность по повышению качества обучения, совершенствованию повышения показателя научного и духовного потенциала профессорско-преподавательского состава, а также по подготовке высококвалифицированных специалистов, по обеспечению учебных и научно-исследовательских лабораторий, материально-технической базы и оказывают бескорыстную техническую помощь по привлечению в гранты международных и зарубежных организаций.